Zavedenie dvojúrovňového kurikula prinieslo aj isté nedostatky. Prvú úroveň projektovania kurikula tvorí štát a druhú školy a učitelia. Učitelia a vedenie škôl sa tak ocitli v úplne novej pozícii – ako tvorcovia obsahu vzdelávania. Avšak pritom nemajú žiadnu možnosť voľby pri výbere učebníc pretože rezort školstva naďalej stráži obsah, ktorý učitelia budú učiť.

Ďalším nedostatkom dvojúrovňového kurikula je tvorba učebného plánu. Dalo by sa povedať, že školský učebný plán predstavuje len akýsi doplnok štátneho učebného plánu v podobe vytvoreného priestoru na voliteľné predmety.

Jednou z kľúčových úloh reformy bolo rozpracovanie konceptu tzv. vzdelávacích oblastí. Vytvorené vzdelávacie programy reformy vypovedajú o tom, že koncept vzdelávacích oblastí bol zavedený nesprávne a nasilu.
Koncept vzdelávacích oblastí sa nepovažoval za východiskový koncept zameraný na konkretizáciu obsahu vzdelávania. Ostala zachovaná existujúca štruktúra učebných predmetov a vzdelávacie oblasti sa tvorili na základe zoskupenia existujúcich predmetov do väčších celkov, pričom jednotlivé vzdelávacie stupne majú rôzne stanovené vzdelávacie oblasti.