V roku 1998 bola zostavená Ministerstvom školstva komisia na vytvorenie dlhodobej koncepcie rozvoja výchovy a vzdelávania na najbližších 15 – 20 rokov, ktorá je známa pod názvom Milénium. Koncepcia bola vypracovaná tromi autormi – Rosa, V., Turek, I. a Zelina, M.

V tomto dokumente sa charakterizuje súčasný stav vzdelávania v SR, objasňuje sa príčina potreby zmien v tejto oblasti, kam ma výchova a vzdelávanie smerovať, rozpracovaná je konkretizácia náčrtu cieľov, ako aj vízia moderného systému, podľa ktorej by mal byť školský systém 3-stupňový (primárna, sekundárna, terciálna sféra). Celá koncepcia je postavená na 12 pilieroch.

Po vytvorení Milénia sa situácia v školskom systéme začala meniť. Školstvo sa stavalo k ďalším návrhom, ktoré sa objavovali na scéne, oveľa opatrnejšie. Rôzne inovatívne/alternatívne školské programy, ako aj školy, začal rezort školstva posudzovať prísnejšie, najmä podľa toho, či sú v súlade s platným školským zákonom. Tie, ktoré túto podmienku nespĺňali, boli zrušené.