Ďalší dôležitý faktor ovplyvňujúci poňatie primárneho vzdelávania je jeho vzťah a previazanosť, respektíve oddelenosť a relatívna samostatnosť s nižším sekundárnym vzdelávaním, ako aj jeho dĺžka vo vzťahu k pripravenosti žiakov prejsť z primárneho vzdelávania na vyšší stupeň vzdelávania. Väčšina krajín západnej Európy má primárnu školu ako samostatnú inštitúciu, ktorá je obsahom a spôsobom realizácie vyučovania nezávisla od sekundárnej školy.

U nás bola primárna škola organizačne spojená do jedného celku s nižším sekundárnym stupňom vzdelávania (okrem rokov 1948 – 1953). Táto integrácia priniesla však niektoré negatívne stránky, ako napr. strata svojbytnosti primárnej školy a jej prispôsobovanie sa vyššiemu stupňu vzdelávania a pod.

Okrem vyššie uvedeného vzťahu, je významná prepojenosť aj s predškolským vzdelávaním. V rôznych krajinách sa viedli diskusie o tom, ako uľahčiť deťom prechod z materskej školy do základnej. Overovala sa možnosť štrukturálnej integrácie týchto dvoch stupňov vzdelávania (napr. Holandsko, Anglicko), pomocou prepojenosti kurikula oboch edukačných zariadení (napr. Francúzsko) alebo pripojenie predškolských tried vorklassen k primárnym školám (napr. Nemecko, Belgicko).