Jednobukovce zaraďujeme do živočíšnej alebo rastlinej ríše podľa toho, či ich bunky obsahujú plastidy. Sú aj problematickejšie kmene, ako bičíkovce. Klasifikácia bičíkovcov sa v poslednom období často mení. Je to spôsobené už spomenutým faktom, že poznáme ako bičíkovce heterotrofné, tak aj bičíkovce autotrofné, ktoré obsahujú plastidy. Spočiatku sa všetky fotosyntetizujúce bičíkovce radili medzi rastliny (do rôznych oddelení v rámci nižších rastlín). Neskôr bola pre nich vyhradená samostatná trieda v rámci živočíšnych bičíkovcov, tzv. rastlinobičíkovce a živočíchobičíkovce. Najnovšie sa delenie bičíkovcov na zelené a nezelené ukazuje ako umelé a fylogeneticky neopodstatnené. Prišlo sa totiž na to, že niektoré druhy autotrofných a heterotrofných bičíkovcov sú si vývojovo bližšie ako heterotrofné druhy navzájom.