Škola v prírode však môže byť organizovaná aj ako autonómna prírodovedná aktivita, ktorá svojím časovým rozsahom dáva priestor na kvalitné preskúmanie rôznych prírodných javov v ich bezprostrednej blízkosti. V tomto prípade je princípom organizácie školy v prírode vrátiť prírodovedné vzdelávanie do jeho pôvodného prostredia – do prírody. Cieľom je to, aby žiaci využívali blízke prírodné prostredie na jeho poznávanie. Organizácia tohto typu školy v prírode je náročnejšia, keďže učiteľ musí vopred pripraviť prírodovedné aktivity, ktoré budú žiaci realizovať (vzdelávací projekt).

V súčasnosti nemusí vzdelávací projekt pre školu v prírode konštruovať a realizovať učiteľ, môže využiť ponuku rôznych centier, ktoré pre školy poskytujú nielen organizáciu pobytu detí v škole v prírode, ale aj prírodovedný program podľa zamerania, ktoré si učiteľ vyberie. Napríklad môže ísť o starostlivosť o kone a jazdenie na koni, ale aj spoznávanie lesného ekotopu v spolupráci s lesníkom či odborným pracovníkom z úradu životného prostredia. Pre náročnejších môže ísť aj o výskumné aktivity, ktoré realizujú žiaci pod vedením vedeckých pracovníkov – napr. Terénne pracovisko prírodovedného vzdelávania v Modre Harmónii.

Inovatívny pohľad na školu v prírode hovorí najmä o využití prítomných prírodných zdrojov na získavanie poznatkov o prírode bezprostredným pozorovaním a skúmaním.