Hospodárenie s vodou zahŕňa cieľavedomé činnosti, ktoré vedú k využitiu, ochrane a rozvoju vodných zdrojov a k ochrane obývaných a hospodársky využívaných oblastí proti škodlivým účinkom vôd. Konkrétne to znamená zabezpečovanie pitnej vody, využívanie vody ako dopravného média, závlahy, čistenie odpadových vôd, rekreáciu a šport na vode, výstavbu hydroelektrární, budovanie protipovodňových opatrení…
Oblasti, v ktorých sa vyskytujú vodné zdroje (povrchové alebo podzemné) využívané na priame zásobovanie obyvateľstva pitnou vodou, môže vláda Slovenskej republiky vyhlásiť za chránené vodohospodárske oblasti. V chránených vodohospodárskych oblastiach sa zakazujú činnosti, ktoré môžu ohroziť výdatnosť alebo zdravotnú nezávadnosť vodných zdrojov a vodohospodárske pomery. Najväčšie zásoby podzemných vôd na Slovensku sú na Žitnom ostrove. Vodné toky, ktoré sú určené na hromadné zásobovanie obyvateľstva vodou, sa vyhlasujú za vodárenské toky. Na Slovensku je desať chránených vodohospodárskych oblastí a 58 vodárenských tokov.
Výstavba hrádzí, vodných diel, regulácia vodných tokov spôsobuje narušenie režimu prirodzeného odtoku povrchových vôd.