Arzén sa v prírode vyskytuje vo forme sulfidov arzenipyrit FeAsS, realgar As₄S₄; auripigment As₂S₃. Sprevádza všetky sulfidické rudy, preto je relatívne rovnomerne rozptýlený v zemskej kôre.
K umelým zdrojom arzénu patria priemyselné odpadové vody z garbiarní a spracovania rúd, v minulosti sa používali aj pesticídy na báze As.
Arzén sa vyskytuje s oxidačným číslom As^V a v menej stabilnej forme As^III. As^III býva organicky viazaný a podlieha chemickej alebo biochemickej oxidácii na As^V. V aeróbnom prostredí je As^V stabilnejší.
Arzén má veľkú schopnosť akumulovať sa v riečnych sedimentoch a vo vodných organizmoch.
Čistiaci proces spočíva v akumulácii As na hydratovaných oxidoch Fe a Al.
As^III je toxickejší, spôsobuje chronické ochorenia a patrí medzi inhibítory biochemických oxidácií, je to karcinogén.