Mangán je v prírode relatívne rovnomerne rozšírený, sprevádza železné rudy. Hmotnostný pomer Fe a Mn v litosfére je 50 : 1. Koncentrovane sa vyskytuje v mangánových rudách: burel MnO₂, braunit Mn₂O₃, dialogit MnCO₃. Vylúhovaním z minerálov, pôdy a odumretých častí rastlín sa dostáva do vody.
Mangán sa vyskytuje v rôznych oxidačných stupňoch, v rozpustených aj nerozpustných formách. Najväčší význam majú zlúčeniny Mn s oxidačným číslom II, III, IV. Bez prítomnosti rozpusteného kyslíka je najstabilnejšou formou výskytu MnII. V neutrálnom a kyslom prostredí prevažuje katión [Mn(H₂O)₆]²⁺.
Rozpustnosť Mn^II vo vode je limitovaná rozpustnosťou hydroxidu, uhličitanu alebo sulfidu vo vode. Vo vodách obsahujúcich rozpustený kyslík je Mn^II nestabilný, vylučujú sa oxidy mangánu s oxidačným číslom II a IV.
Oxidácia Mn^II na Mn^III a Mn^IV je sprevádzaná vyzrážavaním hydratovaných oxidov, čo je aj podstatou odstraňovania Mn z vody.
Okrem chemickej oxidácie rozpusteným kyslíkom sa vo vode uplatňuje aj biochemická oxidácia mangánovými baktériami.
Komplexné formy mangánu sú voči oxidácii kyslíkom odolnejšie ako jednoduché ióny Mn²⁺. Veľmi stabilné sú organické komplexy Mn s humínovými látkami.