Ortuť sa v mineráloch vyskytuje zriedka, hlavná ruda je rumelka HgS. Umelé zdroje ortuti sú priemyselné odpadové vody z elektrolýzy NaCl amalgámovým spôsobom, z chemických výrob, kde sa Hg používa ako katalyzátor…, v minulosti ortutnaté pesticídy. Do ovzdušia sa dostáva pri spaľovaní fosílnych palív a pri tepelnom spracovaní rúd.
Ortuť sa v prírode vyskytuje buď elementárna Hg⁰ alebo v podobe katiónov Hg²⁺, Hg₂ ²⁺, hydroxokomplexov a chlorokomplexov. Alkylmerkurychloridy (R-Hg-X) boli v minulosti používané ako pesticídy a značne sa hromadili v rybom mäse.
V podzemných vodách sa ortuť vyskytuje len v okolí rudných nálezísk. V povrchových vodách svedčí zvýšený obsah o umelom znečistení vôd.
Hg má jeden z najvyšších akumulačných koeficientov, rádovo 106. Organoortutnaté zlúčeniny sa môžu premieňať na anorganické a niektoré mikroorganizmy vyskytujúce sa v aktivovanom kale majú schopnosť premieňať voľné Hg²⁺ na dimetylortuť, ktorá je prchavá – prechádza do vzduchu, čo je aj podstatou čistiacich procesov.
Obsah ortuti vo vodách je prísne limitovaný.