Hoci o zaradení ortuti medzi toxické prvky nie sú žiadne pochybnosti, je súčasťou niektorých klasických, ale najmä homeopatických liečiv. V minulých storočiach sa malými dávkami ortuti liečil syfilis.

Ortuť našla uplatnenie najmä v stomatológii. Už v 16. storočí sa využívali amalgámové výplne zubov. Takmer 200 rokov však boli vytlačené zinkovými, olovenými a zlatými fóliami. Jedným z dôvodov prečo ustúpili kovovým fóliam bola aj nedokonalá kvalita, hľadalo sa vhodné zloženie amalgámu.

V Európe sa amalgám používal od roku 1827, kedy francúzsky zubný lekár O. Taveau a anglický chemik CH. Bell navrhli striebornú pastu, ktorá vznikla zo strieborných mincí a ortuti ako trvalú výplň zubov. Dentisti sa bránili používaniu lacného a bezpečného výplňového materiálu. Ďalšia protiamalgámová vojna začala v roku 1927, keď nemecký chemik Alfred Stock upozornil na možné toxické pôsobenie ortuti nachádzajúcej sa v amalgáme. Súčasní stomatológovia používajú rôzne druhy výplní okrem amalgámovej (kompozitné, zlaté, keramické a pod.). Za výhody amalgámových výplní možno považovať výborné mechanické vlastnosti (trvácnosť výplní je dvojnásobná oproti kompozitným výplniam), ľahkú manipuláciu a dobré klinické skúsenosti. Ani použitie kompozitných materiálov nie je pre pacientov bez zdravotného rizika. V súčasnej stomatológii používané amalgámy sa získavajú zmiešaním kovovej ortuti (42 – 52 %) s práškovou zliatinou. Zliatiny obsahujú 40 – 70 % striebra, 15 – 30 % cínu a líšia sa množstvom prítomnej medi. Staršie amalgámy využívajú zliatiny s nižším obsahom medi (3 – 6 %), novšie s vyšším obsahom medi (9 – 30 %). Medzi menej používané amalgámy patrí fluoridový amalgám, ktorý obsahuje fluór vo forme SnF₂, NaF, ZnF₂ alebo CaF₂. Amalgámový problém sa možno vyrieši nahradením ortuti gáliom. Inou alternatívnou bezortuťovou zliatinou sa črtá zliatina striebra a cínu. Robia sa však aj pokusy s používaním organicky modifikovanou keramikou.

O nepriaznivých účinkoch amalgámových výplní na ľudský organizmus sa veľa písalo, najmä po roku 1989. Pri elektrochemickej korózii v ústnej dutine sa z 1 cm² amalgámovej výplne uvoľní denne 10 – 20 mg ortuti. Ak sú v ústnej dutine aj iné kovové (napr. zlaté) výplne zubov, korózia je 10-krát výraznejšia. Ortuť z amalgámových výplní sa uvoľňuje najmä počas žuvania, pôsobenia teplej a horúcej potravy, ale aj pri čistení zubov. Po päť minútovom žuvaní žuvačky sa zvýšila hodnota ortuti vo vydychovanom vzduchu z 0,1 ng⋅s⁻¹ na 2,7 ng⋅s⁻¹, t. j. 27 násobné zvýšenie uvolňovania ortuti z amalgámových výplní zubov. Oveľa vyššie koncentrácie boli namerané v stomatologickej ordinácii v dýchacej zóne lekára pri zavádzaní (152 mg⋅m⁻³) a najmä pri odvŕtavaní amalgámovej výplne zubov (1000 mg⋅m⁻³) v priebehu 110 – 180 sekúnd. Pričom hygienický limit pre ortuť je 0,3 mg⋅m⁻³. Dlhodobá inhalácia vzduchu s koncentráciou ortuti vyššou ako 100 mg⋅m⁻³ môže vyvolať únavu, nespavosť, úzkosť, nechutenstvo, chudnutie. Pre všeobecný zákaz používania amalgámov v stomatológii nie je dostatok dôkazov o ich toxických účinkoch na ľudský organizmus. Zároveň však nie sú k dispozícii adekvátne alternatívne materiály. Ani použitie kompozitov nie je pre pacientov bez zdravotného rizika. Vo Švédsku sú po rozsiahlej diskusii s ochrancami životného prostredia od 1.7.1995 zakázané amalgámové výplne u detí.