Biogénne vlastnosti selénu boli úplne uznané až v roku 1980 po zisteniach čínskych vedcov, že selén má ochranný vplyv na srdce pri tzv. kešanskej chorobe. Selén je esenciálny prvok pre normálny rast a vývoj organizmu. Významne ovplyvňuje funkciu takmer všetkých komponentov imunitného systému, chráni organizmus pred toxickými účinkami niektorých kovov, napr. arzénu, olova, kadmia, derivátov cis-platiny a iných toxických cudzorodých látok tým, že znižuje ich väzbu na biologicky dôležité bielkoviny. Vzniknuté (nerozpustné) biologicky neaktívne selenidy (napr. CdSe, PbSe, HgSe, As₂Se₃) sa ukladajú vo forme granúl v niektorých orgánoch.

Medzi najviac zdokumentované priaznivé účinky selénu na ľudský organizmus patrí ochrana organizmu pred poškodením peroxidáciou. V roku 1973 bolo dokázané, že selén je súčasťou enzýmu glutatiónperoxidázy. Glutatiónperoxidáza katalyzuje redukciu peroxidu vodíka H₂O₂, ale podporuje aj biologický účinok vitamínu E. Selén sa zúčastňuje na tvorbe 20 selénoenzýmov a selénoproteínov tvoriacich súčasť antioxidačného imunitného systému a metabolizmu hormónov štítnej žľazy. Anglickí psychiatri D. Benton a R. Cook na základe svojich výskumov tvrdia, že príjem selénu, najmä v kombinácii s antioxidantami (vitamín A, C a E) zlepšuje náladu, znižuje stavy úzkosti a depresie, zlepšuje mentálnu čulosť, zvyšuje výkonnosť pamäti predovšetkým starých ľudí.

I naďalej sa skúma, ktoré formy selénu sú biologicky najúčinnejšie a aká je jeho fyziologická potreba. Selén sprevádza síru, aj ju v zlúčeninách môže nahradiť. V biochemických reakciách sú zlúčeniny selénu reaktívnejšie než zlúčeniny síry, čím sa naruší priebeh mnohých životne dôležitých dejov.

Selén je súčasťou enzýmu jódtyronínu-5'-dejodázy, ktorý katalyzuje dejodáciu hormónu štítnej žľazy tyroxínu na metabolicky aktívnejší trijódtyronín (T₃). Prvý typ enzýmu sa vyskytuje v pečeni, obličkách, svaloch a štítnej žľaze. Druhý typ uvedeného enzýmu sa vyskytuje v mozgu, hypofýze a nadobličkách. Prostredníctvom uvedeného enzýmu ovplyvňuje selén tvorbu hormónov štítnej žľazy. Ak koncentrácia selénu v sére klesne na hodnotu pod 20 μ g⋅dm⁻³ nastávajú v organizme nevratné deje, v dôsledku ktorých organizmus umiera.

Selén sa z potravy vstrebáva v duodéne. Seleničitany sa vstrebávajú o trochu lepšie (44 – 70 %) ako selénany . Biologicky dostupnejší je organický selén (selenometionín). Viac ako 90 % selenometionínu sa absorbuje v duodéne v nezmenenej podobe prostredníctvom aktívneho transportu. Vstrebateľnosť môže zvýšiť napr. vitamín E, A aj C, naopak stres vstrebateľnosť znižuje.

Pri normálnom príjme asi 60 % Se je vylučovaného z organizmu močom, 35 % stolicou, 1 % pľúcami, 1 % v slinách a 1 % potom.