Mangán patrí medzi tie stopové prvky, ktorých biogénny charakter bol zistený len nedávno. Do organizmu sa mangán dostáva predovšetkým inhalovaním, tráviacou sústavou len nepatrne, lebo z celkového množstva mangánu prítomného v prijatej potrave sa vstrebe len asi 3 %. V atmosfére je koncentrácia mangánu 0,05 – 0,2 μg⋅m⁻³. Hlavným zdrojom emisií mangánu do ovzdušia je spaľovanie uhlia (tepelné elektrárne) a metalurgia.

Mangán je zložkou iba niekoľkých enzýmov, ale aktivuje ich oveľa viac. Ovplyvňuje metabolizmus sacharidov a čiastočne aj lipidov. Je potrebný pre normálnu funkciu centrálnej nervovej sústavy. Mangán je spoluzodpovedný za správny vývoj buniek (nachádza sa v mitochondriách) a popri železe a medi, ovplyvňuje správny priebeh tvorby krvi, kde má významnú úlohu pri tvorbe hému. Napomáha premene neaktívneho, zásobného železa, na železo aktívne. Zúčastňuje sa na metabolizme tukov, sacharidov, lipidov, cholesterolu a glukózy, ako aj pri syntéze proteínov, nukleových kyselín. Zároveň aktivuje cholín, biotin, tiamín, vitamín C. Mangán ovplyvňuje imunitný systém organizmu, pomáha zvyšovať odolnosť organizmu proti infekciám. Mangán je ochrancom pred diabetes napríklad tým spôsobom, že kojaca matka s deficitom mangánu môže s veľkou pravdepodobnosťou očakávať diabetické dieťa.

Hoci sa mangán vstrebáva vo všetkých častiach tenkého čreva, jeho vstrebateľnosť je nízka (3 – 4 %). Vstrbateľnosť sa dá ovplyvniť, znižuje ju vysoký príjem železa v trávenine, ale aj vysoké dávky vápnika a fosfátov.

Ale aj mangán ovplyvňuje vstrebateľnosť iných látok. Vysoké dávky mangánu znižujú vstrebateľnosť železa (možnosť poklesu hemoglobínu), ale aj kobaltu.

Vstrebávanie mangánu z materského mlieka (0,006 – 0,03 mg⋅kg⁻¹) je vyššia ako z kravského mlieka. Príčinou rozdielneho vstrebávania je v tom, že v materskom mlieku sa mangán nachádza v srvátkovej zložke a v kravskom mlieku v kazeínovej zložke.