Nevýhodou lítia je malý terapeutický index, ktorý je daný pomerom medzi toxicitou a terapeutickou dávkou. Pri kontrolovanom užívaní liekov dochádza zriedkavo k otravám. Odporúča sa udržať koncentráciu lítia v sére v intervale 0,5 – 0,8 mmol⋅dm−3. Koncentrácie vyššie ako 1,1 mmol⋅dm−3 sú často sprevádzané nežiaducimi účinkami a môžu znamenať riziko otravy. Toxické príznaky sa prejavujú najmä únavou, pocitom smädu, suchosťou v ústach, ťažkosťami s pamäťou, bolesťami svalov a kĺbov. Ojedinele aj vypadávaním vlasov, zväčšením štítnej žľazy, potením, žalúdočnými ťažkosťami, zvracaním, epileptickými kŕčmi, cirkulačným kolapsom a kómou.
Teratogenita – lítium prechádza placentou, t. j. koncentrácia lítia v sére matky a v plode sú rovnaké. Teratogenita lítia nebola dosiaľ jednoznačne potvrdená, treba však byť opatrný pri podávaní lítnych preparátov najmä v prvom trimestry tehotenstva. Lítium sa z tela matky vylučuje aj do materského mlieka, kde dosahuje 1/10 až 1/2 sérovej koncentrácie lítia matky. Zlúčeniny lítia, ktoré užíva dojčiaca matka, môžu vyvolať u dieťaťa hypotóniu, hypertermiu a cyanózu.