Ortuť má na ľudský organizmus toxické účinky. Ľudský organizmus nemá vytvorený mechanizmus na reguláciu ortuti v tkanivách, preto sa v organizme kumuluje. Zlúčeniny ortuti sa kumulujú vo svaloch, obličkách, nervovom systéme a mozgu. Ortuť je veľmi zradná, v organizme pôsobí pomaly a nebadane. Biologický polčas ortuti je 72 dní. Ortuť je nešpecifický jed, poškodzuje rôzne systémy a tkanivá. Pevne sa viaže na –SH skupiny aminokyselín. Inhaláciou ortuťových pár sa do organizmu dostáva takmer 80 %. Ortuťové pary difundujú rýchlo cez placentálne a krvnomozgové membrány. Preto sú ortuťové pary značne toxickejšie ako kvapalná ortuť. Prehltnutá kovová ortuť (Hg^o) sa v tráviacej sústave vstrebáva len nepatrne (0,01 %), vylučuje sa stolicou. Pri prechode tráviacou sústavou môže dôjsť k mechanickému porušeniu v dôsledku vysokej mernej hmotnosti ortuti (ρ = 13 534 kg⋅m⁻³). Aj anorganické zlúčeniny ortuti sú slabo absorbované v tráviacom trakte (menej ako 20 %). Avšak organické zlúčeniny ortuti, predovšetkým metyl- a etylortuť, sú vstrebané z tráviacej sústavy takmer 100 %.

Centrálnu nervovú sústavu okrem alkylortuťnatých zlúčenín narúšajú aj pary ortuti. Preto ortuť z rozbitého lekárskeho teplomeru dôkladne pozbierame do nádoby, zalejeme vodou, uzavrieme a odovzdáme do chemického laboratória, alebo lekárne. Zásadne nevylievame do odpadu (vodovod, WC).